Os jogadores assumem o papel do "Prophet", enquanto ele volta para Nova York apenas para descobrir que a cidade tem sido envolto em uma Nanodome criada pelos corruptos da Cell Corporation.

A cidade Liberty Dome de Nova York é uma verdadeira floresta urbana repleta de árvores, pântanos e rios furiosos. Dentro da Liberty Dome, sete ambientes distintos e traiçoeiros tornou conhecido como as Sete Maravilhas. Este mundo novo e perigoso exige armas avançadas e táticas. Prophet irá utilizar um arco letal, um Nanosuit melhorado e tecnologia alienígena devastadora para se tornar o mais mortífero caçador do planeta.

Situado em 2047, o Prophet está em uma missão de vingança, depois de descobrir a verdade por trás dos motivos da Cell Corporation para a construção dos Nanodomes em quarentena. Os cidadãos foram informados de que as estruturas gigantes de toda a cidade foram ressuscitados para proteger a população e para limpar essas metrópoles das forças Ceph remanescentes. Na realidade, os Nanodomes são uma tentativa da Cell conseguir tecnologia para dominação global. Com os alienígenas Ceph à espreita em cada esquina e inimigos humanos atacando, ninguém está seguro no caminho da vingança. Todo mundo é um alvo na busca de vingança do Prophet.